cocos2d-x本来のフレームワークが生成されない問題

起きている問題は…

cocos2d-xはver3.9を利用しています。
使用OSはMacのYosemite (10.10.3)です。
あるタイミングからcocos newコマンドでプロジェクトを作成してもcocos2d-x本来のフレームワークが生成されない問題が発生しました。
Xcodeを用いて作成したプロジェクトを開いてもcocos2d_lib.xcodeprojが該当プロジェクト内に存在しない状態です。
同様にプロジェクト直下(proj.ios_macなどがあるディレクトリ)にcocos2dディレクトリがありませんでした。

ただ、ライブラリファイルはリンクしているためSpriteやRefなどは記述可能。
ヘッダファイルまでは見れるのですが、ソースファイルは見れないといった状態です。

以前までは上記した問題は起こっておらず、他利用者様と同じ構成で生成されていたのですが。。。

現象発生前後で行ったこと

• cocos studioを追加
• Android Studioに既存プロジェクトを追加
• コンパイル高速化のためにccacheを適用

上記で行った変更を確認しましたが、当然cocos newに影響するような変更はしておりません。
ただ、念のため全て設定や定義を戻し、再度cocos newを実行………改善されず(´・ω・`)

実際、実行は出来る？

実行は可能でした。そこで実際cocos2d-x関連のファイルはどこを参照しているのか、を調査しました。
Xcode -> PROJECT, TARGETS -> Build Settings -> Search Paths -> Header Search Paths, Library Search Paths, Framework Search Paths

すると以下ディレクトリのファイルを参照していました。

/Applications/Cocos/frameworks/cocos2d-x-X.X

なぜcocos studioのディレクトリを参照しているのか、その定義があるのかについても改めて調査しましたが、どこにも見当たらず…

最新バージョンver3.10だとどうなる？

調査時点でcocos2d-xの最新バージョンver3.10がありましたので、それを適用してみようと思いました。
setupも再度実行、bash_profileが適切に書き換わっていることも確認し、再読込み。
cocos newしてみましたが現象変わらず…(´・ω・`)

一旦諦め、リフレッシュ後に再度調査。
cocos newしてみたら正常にフレームワーク含め生成されました…
結局何が原因だったのか、何故解決したのかは不明…